Résistance aux antibiotiques : le CHU de Nantes identifie une nouvelle piste grâce à l’étude du microbiote intestinal

Exposition aux antibiotiques et antibiorésistance*

L’exposition aux antibiotiques est connue pour accroitre le risque d’acquisition d’une bactérie résistante, augmentant ainsi le risque de développer une infection. L’étude Arcmi réalisée au CHU de Nantes visait à étudier la proportion de patients qui acquiert une bactérie productrice de bêta lactamases à spectre étendu (une enzyme qui rend la bactérie résistante à certains antibiotiques très utilisés pour traiter les infections sévères) après la prise de l’antibiotique Ceftriaxone. Cette étude a mobilisé le service des urgences, le centre de ressources biologiques et le laboratoire de bactériologie du CHU de Nantes.

Une première étude en vie réelle pour mieux comprendre les mécanismes de résistance

Si les facteurs de risque clinique d’acquisition de la bactérie bêta lactamases à spectre étendu sont bien établis, le rôle du microbiome intestinal et du résistome (gènes de résistance) reste incertain. Ainsi, 143 patients pris en charge au CHU de Nantes ont participé à cette étude. Le microbiote intestinal a été analysé grâce à des prélèvements rectaux réalisés à J0 (avant l’administration de l’antibiotique), J+5 et J+30. L’analyse du microbiote a été réalisée grâce à la plateforme GenoBIRD de Nantes Université.

Les résultats de l’étude Arcmi démontrent que :

• 15% des patients ont acquis la bactérie multirésistante à 30j ;
• la composition du microbiote n’est pas différente à J0 entre les patients qui développent la bactérie multirésistante et ceux qui ne la développent pas ;
• l’exposition à l’antibiotique Ceftriaxone a induit une réduction profonde et durable de la richesse et de la diversité microbiennes chez tous les patients ;
• Les patients qui n’ont pas acquis la bactérie multirésistante présentaient à J0 un répertoire significativement plus riche et plus diversifié de gènes codant pour l’enzyme (bêta-lactamases) qui dégrade l’antibiotique.

Cette étude a permis de démontrer pour la première fois, dans des conditions de vie réelle, que la présence de ces gènes de résistance est indépendamment associée à un effet protecteur contre l’acquisition d’une bactérie résistante. Ces recherches soulignent l’importance de la diversité fonctionnelle du résistome. Cela ouvre la voie à des traitements personnalisés pour les patients. L’intérêt est de limiter l’exposition des patients aux antibiotiques quand ce n’est pas nécessaire afin de réduire l’antibiorésistance.
Pr Emmanuel Montassier et Dr Quentin Le Bastard, médecins urgentistes au CHU de Nantes

L’étude Arcmi illustre la place centrale du microbiote intestinal dans la lutte contre la résistance aux antibiotiques. Grâce à des approches bioinformatiques innovantes mises en place dans notre unité de recherche IAME, nous avons pu détecter des mécanismes de résistance difficilement accessibles et sous-étudiés jusque-là. Nous avons pu montrer qu’ils jouaient un rôle de protection naturel du microbiote lors des traitements antibiotiques, soulignant le besoin de continuer les recherches dans cette direction afin d’élaborer des solutions visant à préserver le microbiote intestinal lors des traitements antibiotiques.
Pr Etienne Ruppé, bactériologiste à l’Hôpital Bichat (AP-HP, Paris), et chercheur dans l’unité IAME (Inserm, Université Paris Cité, Université Sorbonne Paris Nord)

*L’antibiorésistance est la capacité d’une bactérie à résister à la prise d’un ou plusieurs antibiotiques.