Le CHU de Nantes est un établissement public de santé hospitalo-universitaire. 

Le directeur général du CHU de Nantes, Philippe Sudreau, assisté d’un directoire, assure la gestion et la conduite générale de l’établissement.
 
Le conseil de surveillance a pour mission d’orienter et de surveiller la gestion du CHU. Johanna Rolland, maire de la ville de Nantes, en est le président élu. Le conseil de surveillance comprend également des représentants des collectivités territoriales, des représentants du corps médical et non médical, des personnalités qualifiées et des représentants des usagers.

Le CHU de Nantes est organisé en pôles hospitalo-universitaires (PHU) regroupant des activités complémentaires. Ces pôles sont placés sous la responsabilité de médecins, nommés par le directeur général. Ils sont assistés d’un cadre soignant et d'un cadre administratif.

Voir l'organigramme de direction