Le CHU de Nantes est un établissement public de santé hospitalo-universitaire

Le directeur général du CHU de Nantes, assisté du directoire, assure la gestion et la conduite générale de l’établissement en concertation avec les instances de l'établissement (Commission Médicale de l'Etalissement, Comité Technique d'Etablissement, Commission de Soins Infirmiers, de Rééducation et Médico-techniques…).
 
Le conseil de surveillance a pour mission d’orienter et de surveiller la gestion du CHU. Il comprend des représentants des collectivités territoriales, des représentants du corps médical et non médical, des personnalités qualifiées et des représentants des usagers. 

Le CHU de Nantes est organisé en pôles hospitalo-universitaires (PHU) regroupant des activités complémentaires. Ces pôles sont placés sous la responsabilité de médecins, nommés par le directeur général. Ils sont assistés d’un cadre soignant et d'un cadre administratif.

L'organisation d'une gestion en proximité

 Le CHU de Nantes a été l'un des premiers établissements hospitaliers publics à mettre en place les principes de l'organisation en pôles de soin ; les objectifs étant de mettre en place une organisation décloisonnée (médicale, soignante et administrative), développer un management de proximité simpliant les circuits de décision, et améliorer le suivi de la gestion et des projets des pôles. En ce sens, les services de soin de l'établissement sont regroupés dans le cadre de pôles hospitalo-universitaires selon des logiques de pathologies, de filières ou encore d'organes. De même, les directions s'organisent sous la forme de pôles administratifs.
 
C'est sur la base de cette organisation que s'organise le dialogue de gestion interne. Ainsi, annuellement, des conférences de pôle sont organisées en les pôles hospitalo-universitaires et la direction générale. Ces rencontres permettent à la fois une appropriation par les pôles des enjeux de l'établissement et l'identification de projets portés par les professionnels pour améliorer la prise en charge des patients.