Bio-informaticien Senior GIRCI HUGO

Mission

2. MISSIONS DE LA FONCTION
MISSION GENERALE 


Sous la supervision des pilotes scientifiques et de la déléguée générale d’HUGO, le bio-informaticien senior est chargé d’assurer le développement de l’interface d’interprétation des variants et les fonctionnalités innovantes du portail partagé. 

La mission du bio-informaticien senior sera d’être à l’interface entre l’équipe technique de développement et les utilisateurs (biologistes, cliniciens). 

MISSIONS SPECIFIQUES 
L’adéquation de l’interface aux besoins des analyses et au diagnostic étant vitale pour une adoption simplifiée et rapide de l’outil, il faudra donc définir : 
 - avec les utilisateurs, les fonctionnalités nécessaires, les données attendues. 
 - avec l’équipe de développement, les outils bio-informatiques qui y répondent. 

En lien avec l’équipe, le bio-informaticien senior sera chargé de sélectionner et valider les outils bio-informatique, de garantir leur intérêt scientifique, de définir les conditions de bonne utilisation (valeur de seuil, configuration standard…) et de rédiger les documents permettant la certification des analyses au sein de la démarche qualité du laboratoire. 

Intégré au sein de l’équipe de développement, le bio-informaticien participera à la mise en oeuvre des outils ainsi qu’au développement de l’interface. 

Le bio-informaticien senior participera également à la formation des utilisateurs. 

Il sera également attendu une veille scientifique sur les innovations permettant un meilleur diagnostic qui pourront être proposées aux utilisateurs. 
Durée(s) :
+ de 6 mois
CONTRAT Contrat de 2 ans renouvelable (CDD ou contrat de projet)

Pré-requis

Bac + 5
Diplôme souhaité : 
Master en bio-informatique ou équivalent 

Formation : 
Formation solide à la bio-informatique, si possible avec un double cursus informatique/biologie 

Expérience et compétences souhaitées : 
Expérience en conception et développement de logiciel bio-informatique 
Expérience en gestion de projet 
Expérience dans la mise en place de pipeline d’analyse NGS 
Connaissances en base de données 
Expérience en formation des utilisateurs 

 Qualités requises : 
Bienveillance 
Initiative, transversalité 
Rigueur, intégrité 
Respect de la confidentialité 
Nom de l'organisme :
GIRCO HUGO : Hôpitaux Universitaires du Grand Ouest
Adresse :
Mél :
lionel.bernonferreiraquijano@chu-nantes.fr

Informations complémentaires

BIO-INFORMATICIEN SENIOR 

DEVELOPPEMENT ET DEPLOIEMENT D’UN PORTAIL HUGO D’INTERPRETATION DES DONNEES DE GENOMIQUE 

Les Hôpitaux Universitaires du Grand Ouest se sont engagés depuis plus de dix ans dans une collaboration sur leurs missions hospitalo-universitaires. Parti d’une simple convention en 2005, ce partenariat s’est structuré en 2013 au sein d’un groupement de coopération sanitaire, dont l’objet couvre les trois missions hospitalo-universitaires du soin, de l’enseignement et de la recherche.  

Le groupement HUGO regroupe aujourd’hui les 6  CHU/CHR  de l’interrégion Grand Ouest (Angers, Brest, Nantes, Rennes, Tours, Orléans), constituée des régions Bretagne, Centre-Val de Loire, Pays de Loire. Il intègre également l’Institut de Cancérologie de l’Ouest, le Centre hospitalier du Mans et le Centre Hospitalier Départemental de Vendée. Organisation reconnue, HUGO apparaît comme l’exemple national le plus abouti d’un fonctionnement de CHU en réseau. 

La structuration de la génétique du Grand Ouest constitue une priorité de son projet stratégique 2018-2021.Les Hôpitaux Universitaires du Grand Ouest (HUGO) possèdent en effet des ressources exceptionnelles dans le domaine de la génomique constitutionnelle et somatique à visée sanitaire. 
La création du réseau GEM-Excel a permis d'intégrer et de mutualiser toutes ces compétences au sein d'un réseau d'excellence en génétique et génomique dont la vocation translationnelle sert toutes les disciplines médicales.  

En 2019, HUGO s’est donné comme ambition de structurer un portail d’interprétation des données de génomique. 

Les objectifs sont les suivants : 

-Le partage d’expertises pour des données très complexes à analyser, 
-La mutualisation des coûts d’interprétation, 
-L’homogénéisation des pratiques, 
-Les perspectives d’innovation en lien avec la plateforme interrégionale des données de santé  
-La maitrise des données produites  

L’assemblée générale du GCS HUGO a validé dans une délibération du 16 octobre 2019 ce projet, et les ressources communes associées. 

Le présent poste de bioinformaticien senior est ouvert afin de contribuer au développement et déploiement du portail HUGO d’interprétation des données génomiques. 

1. IDENTIFICATION DE LA STRUCTURE 
ETABLISSEMENT EMPLOYEUR : 

Le bio-informaticien senior sera employé par l’un des 5 Centres Hospitaliers Universitaires membres d’HUGO, (Brest, Rennes, Angers, Nantes ou Tours) en fonction de sa situation, avec mise à disposition à temps plein auprès du GCS HUGO. 

PERIMETRE D’INTERVENTION 
Le périmètre d’intervention est celui des établissements du GCS HUGO (Régions Bretagne, Centre-Val de Loire et Pays de Loire).  
Le bio-informaticien senior sera positionné dans l’équipe d’accueil de l’établissement employeur. 

4. LES EXIGENCES PARTICULIERES DU POSTE 
Déplacements réguliers dans le Grand Ouest.